A magyar Országgyűlés „demokratikus közéletünk tisztaságának megőrzése érdekében, továbbá történeti közelmúltunk megismerésének lehetővé tétele érdekében” 1996-ban hozta létre a Történeti Hivatalt (TH), és annak első főigazgatójává 1997 májusában Dr. Markó Györgyöt, a Hadtörténelmi Levéltár korábbi parancsnokát nevezték ki. Helyettese 1998 júniusától Kónyáné dr. Kutrucz Katalin, volt országgyűlési képviselő, az ELTE Jogi Kar oktatója lett. Az intézmény létrehozása után megtörtént a TH szervezeti kereteinek kiépítése, a törvényben meghatározott irategyütteseknek a legfontosabb iratőrző szervezettől, a Belügyminisztériumtól való átvétele, a további tevékenységet szabályozó belső utasítások elkészítése.

A TH 1997. szeptember 1-étől kényszerűségből a Belügyminisztérium Roosevelt téri épületében fogadta az információs önrendelkezési jogukkal élni kívánó állampolgárokat, illetve a tudományos kutatókat. Hosszas előkészítő munka után aztán 1998 októberében megindultak az Eötvös utca 7. szám alatti székház felújítási és átépítési munkálatai, amelyeket 1999 áprilisának végére fejeztek be. Ezt követően történt meg az iratanyagok átszállítása a Belügyminisztérium épületéből az új raktárakba. A székházat 1999. szeptember 2-án avatták fel, és ekkor nyílt meg a levéltár első, állambiztonsági iratokat bemutató kiállítása is. A következő években folytatódott a műemléki épület rekonstrukciója: új épületszint, liftek, raktárak kiépítése mellett az iroda-terek is folyamatosan bővültek.

1999 őszén szóltam K.-nak, hogy segítsen, meg szeretném nézni az anyagaimat, ha vannak, a Történeti Hivatalban, hogy figyeltettek-e vagy lehallgattak-e annak idején; itt mindenki azt hiszi, hogy rá volt állítva a fél titokrendőrség, én nem hittem, sőt, szinte bizonyos voltam, hogy nem, de akartam tárgyszerűen ezt tudni, meg valahogy állampolgári, demokratikus kötelességemnek is tartottam – ha nem is a múlt tisztázását, de az esetleges akták megtekintésében megnyilvánuló figyelmességet a múlt iránt.

Esterházy Péter: Javított kiadás

A Történeti Hivatal egy 2001-es törvénymódosítás után szaklevéltárként működhetett tovább, egészen 2003-ig, amikor „Az elmúlt rendszer titkosszolgálati tevékenységének feltárásáról és az Állambiztonsági Szolgálatok Levéltára létrehozásáról” elfogadott 2003. évi III. törvény alapján az intézmény új néven és keretek között folytatta működését. Szintén változott a levéltár főigazgatójának személye: 2003-tól Gyarmati György vette át a tisztséget.

A Történeti Levéltár alapvető feladatai ekkor nem módosultak, viszont megváltoztak az iratbetekintés és tudományos kutatás szabályai, új szabályt hoztak a közszereplők állambiztonsági múltjának megismerhetőségére vonatkozóan és a gyorsított ütemű iratátadás-átvétel nyomán rövid időn belül nagyságrendekkel bővült a Levéltárban feldolgozásra váró iratok mennyisége.

• Az intézmény tudományos tevékenységének bővülése és gazdagodása 2007-ben tette lehetővé és szükségessé egy saját folyóirat elindítását: a Betekintő ekkortól évente négy számmal online formában, majd 2020-tól nyomtatásban is megjelenik. 2022-től a folyóirat angol nyelvű számokat is megjelentet korábban sikeres cikkeiből.
• 2009 és 2011 között a Levéltár az ún. Norvég Alap komplex állományvédelmi programjában vett részt: a pályázat értelmében a levéltár a rendkívül savas adathordozójú, töredezett, az évtizedes folyamatos használat során sokhelyütt rongálódott iratanyagának legveszélyeztetettebb részét – különböző típusú dossziékat, működési iratokat és nyilvántartó kartonokat összesen mintegy egymillió lap terjedelemben –  védte meg a további károsodástól.
• A Történeti Levéltár a 2010-es évek közepétől működteti állandó kiállítását a Recski Nemzeti Emlékparkban, ahol az infrastruktúra üzemeltetése mellett biztosítja az állandó, szakszerű tárlatvezetést is. A május és október között üzemelő kiállítást és az emlékparkot évente több tízezren keresik fel.
• 2014-ben Magyarország, illetve az ÁBTL látta el az „European Network of Official Authorities in Charge of the Secret Police Files” elnevezésű nemzetközi szervezet elnöklésével járó teendőket. A rövidítve „Network”, vagy „Hét Nővér” formulával illetett szervezet a poszt-szocialista országok többségének hozzánk hasonló feladatkörű intézményeit tömöríti, s elsődleges feladata, hogy egymás tapasztalatait hasznosítva regionális horizonton segítse elő a múlt századi diktatórikus-autoriter rendszerek – ezen belül elsődlegesen a szovjet dominanciájú és karakterű titkosszolgálatok – működésének feltárását.
• 2015-16-ban a Levéltár vezető munkatársai a Nemzeti Emlékezet Bizottsága és az Alkotmányvédelmi Hivatal szakértőivel együtt folyamatosan részt vettek az ún. mágnesszalag-bizottság munkájában, mely az 1990 előtti állambiztonsági adathordozók szerkezetét, adattartalmát és keletkezési körülményeit vizsgálta.

A 2017-es év alapjaiban újította meg az intézmény jogi státuszát, illetékességét és feladatait: a törvénymódosítás óta már nem csak az ún. szocialista korszak államvédelmi/állambiztonsági iratainak kezelésére, de az 1990 utáni nemzetbiztonsági iratok majdani átvételére, illetve a jelenlegi szolgálatok iratkezelésének levéltári felügyeletére is felhatalmazást kapott az ÁBTL. Közép-Európában ezáltal egyedül itt jött létre egy speciális titkosszolgálati levéltár, amely az információs kárpótlás hagyományos feladatai mellett a működő titkosszolgálatok iratkezelése felett is ellátja a levéltári felügyeletet. Ez a felügyelet magában foglalja az 1990 után keletkezett nemzetbiztonsági iratok majdani átvételét is, de e folyamat keretében kerültek a levéltárba 2017-ben az 1990 előtti titkosszolgálati számítógépes adatbázisokat tartalmazó, elhíresült mágnesszalagok is. Szintén a törvénymódosítás rendelkezett arról, hogy a levéltár lett felelős a magyar vonatkozású, de külföldön őrzött állambiztonsági anyag gyűjtéséért is.

Ezek az átalakulások többé-kevésbé időben is egybeestek a levéltár élén történt személyi változással: a Levéltár vezetését Cseh Gergő Bendegúz vette át Gyarmati Györgytől. Az új főigazgató szakmai programjának elindításával az ÁBTL – jelenleg is tartó - hétéves intézményfejlesztési stratégiája azokat a prioritásokat határozza meg és ütemezi, amelyek révén az intézmény a szakmai tartalmat a legkorszerűbb eszközökkel közvetítő, nyitott állambiztonsági archívummá, a korszak megismertetésének kulturális–tudományos központjává, valamint a legszigorúbb titokvédelmi követelményeknek is megfelelő, hiteles nemzetbiztonsági levéltárrá válik. A stratégia alapján valósult meg, hogy a kutatói, mind pedig az állampolgári kutatás a regisztrációtól az adatszolgáltatásig igénybevehető az interneten keresztül is. Szintén a stratégia alapján bővültek kutatási, közművelődési és oktatási programjaink, illetve történt meg a sok okból hiányos állambiztonsági iratanyag pótlása és gyarapítása külföldi archívumok, hazai levéltárak, valamint magánirat-hagyatékok feltárása és forrásaik hasznosítása révén. 

A Történeti Levéltár korábban csak ügyfélszolgálatként funkcionáló fogadóterének belsőépítészeti átalakításával nyitotta meg 2021 novemberében az „Egy diktatúra hagyatéka – Állambiztonsági Iratok és Történetek” című állandó kiállítását. Az interaktivitásra építő, audiovizuális eszközöket, érintőképernyős számítógépeket, kézbe vehető fakszimile dokumentumokat és tárgyi emlékeket kombináló helyszín egyszerre szolgál a korszakot és a titkosszolgálati iratanyagot reprezentáló kiállításként és a kutatók, a látogatók és az érdeklődők számára oktatási, konzultációs lehetőséget biztosító közösségi térként.